El 17 de noviembre de 1944 comenzó la organización del Primer Congreso Indigenal Boliviano. Entre quienes organizaron el mencionado congreso se encontraba el tradicionalista y aimarólogo Hugo Lanza Ordóñez. Este hizo notar a la concurrencia que la existencia de la palabra wiphala sugería que desde siempre en la cultura andina debió haber existido algún tipo de bandera, así que decidió hacer uso de una bandera blanca (que era la única conocida por entonces en los acontecimientos importantes). Otro congresista, Germán Monrroy Block, opinó a favor de usar una bandera más colorida, de acuerdo con la estética aimara.
El imprentero Gastón Velasco recordó que años atrás había diseñado una etiqueta para la marca Champancola, que era una empresa de gaseosas creada a fines de los veinte en La Paz, la primera en su género. La wiphala suele ser confundida con una bandera de siete franjas horizontales con los colores del arcoíris, usada actualmente como emblema oficial de la ciudad del Cusco (Perú), y erróneamente asociada al imperio inca.
Sin embargo, debe observarse que mientras la wiphala es un emblema relacionado principalmente con los pueblos de origen aimara, los incastuvieron su origen en las etnias quechuas.Incluso, se ha determinado que la supuesta "bandera de los incas" no tiene realmente un sustento histórico, pues su aparición es relativamente reciente. Así, se sabe que en 1973, el ingeniero Raúl Montesinos Espejo, al conmemorar el vigésimo quinto aniversario de su radioemisora "radio Tahuantinsuyo" que operaba en la ciudad del Cuzco, utilizó esta bandera con los colores del arcoíris.
Gilbert Baker diseñó la bandera del arcoíris en 1978 para la celebración de la libertad homosexual en San Francisco. La bandera no muestra un arcoíris real. El autor se inspiró en varias fuentes como el movimiento hippie y el Movimiento por los Derechos Civiles en Estados Unidos. Los colores se muestran en líneas horizontales con el color rojo en su parte superior y el púrpura en la inferior. Representa la diversidad de la homosexualidad tanto femenina como masculina, respectivamente. La banda color púrpura a veces se reemplaza con una color negro para representar la masculinidad o el orgullo del fetichismo del cuero negro.
El origen de la wiphala, despierta fuertes polémicas, hay quienes lo atribuyen como símbolo de los pueblos más antiguos como la cultura Tiwuanaku, otros indican un origen cercano. Los primeros sostienen como argumentos hallazgos arqueológicos de tejidos, petroglifos, cerámicas, con motivos ajedrezados. También dibujos y relatos de antiguos cronistas.
Las sospechas del origen moderno de la wiphala se acrecientan sobre todo porque se busca un parangón con la tradición del viejo mundo de ondear banderas a modo de emblema. Por otro lado, la gran explosión de la wiphala en la iconografía aymara acontece con las movilizaciones del sindicalismo campesino en la década de 1970 en Bolivia.
Fue en 1987 que gracias a la iniciativa de un grupo de entusiastas investigadores y colaboradores adscritos del Instituto Nacional de Arqueología boliviana (INAR), rescatando información existente sobre símbolos tradicionales en la cultura andina, diseñaron un símbolo con 7 columnas y 7 filas (49 cuadros), conformando un emblema cuadrado, donde el color blanco ocupa la diagonal y los demás cuadros constituyeran una combinación de verde, azul, violeta, rojo, naranja y amarillo.
En el centro está atravesada por una franja de siete cuadrados blancos que simbolizan las Markas (comarcas) y Suyus (regiones), es decir la colectividad y la unidad en la diversidad geográfica y étnica de los Andes. También representa el principio de la dualidad, así como la complementariedad de los opuestos, por lo tanto unión de los espacios; y así la oposición complementaria o fuerza de la dualidad, es decir: fertilidad, unión de los seres y, por consiguiente, la transformación de la naturaleza y los humanos que implica el camino vital, y la búsqueda a la que éste nos impulsa.
Los cuatro lados de la wiphala conmemoran tanto a los cuatro míticos hermanos Ayar precursores de los cuatro estados del Tiwantinsuyo; como a las cuatro festividades que representan las cuatro estaciones del calendario aymara.
La parte superior de la wiphala se identifica con el sol, el día; la parte inferior con la luna, la noche.
Significado de los colores:
Rojo: El planeta tierra (aka pacha), es la expresión del hombre andino, en el desarrollo intelectual, es la filosofía cósmica.
Naranja: Representa la sociedad y la cultura, es la expresión de la cultura, la preservación y procreación de la especie humana; es la salud y la medicina, la formación y la educación, la práctica cultural de la juventud dinámica.
Amarillo: Es la energía y fuerza (cha'ama pacha), expresión de los principios morales, es la doctrina del Pachakama y Pachamama: la dualidad (chacha wami), las leyes y normas, la práctica colectivista de hermandad y solidaridad humana.
Blanco: El tiempo y la dialéctica (jaya pacha), es la expresión del desarrollo y la transformación permanente del Qullana Marka sobre los Andes, el desarrollo de la ciencia y la tecnología, el arte, el trabajo intelectual y manual que genera la reciprocidad y armonía dentro de la estructura comunitaria.
Verde: Representa la economía y la producción andina, riquezas naturales de la superficie y el subsuelo, la flora y fauna que son un don.
Azul: Espacio cósmico, el infinito (araxa pacha), es la expresión de los sistemas estelares y los fenómenos naturales.
Violeta: La política y la ideología andina, es la expresión del poder comunitario y armónico de los Andes; el instrumento del estado como una instancia superior, las organizaciones sociales, económicas y culturales, la administración del pueblo y el país.